亚特兰蒂斯的败家子们无意中破坏了“生命之源”的封印，光被熄灭。恶之火蔓延，被封存的恶大肆散播到人间，从此人类不再纯洁，他们从没吃过禁果的亚当夏娃变成了灵魂中光明与黑暗并存的“人”

本来黑烟和祭师们有足够的能力可以控制大局，无奈他们的力量本就来自生命之源。一旦生命之源熄灭。他们也失去力量。第一代黑烟也许还光荣牺牲了（杜星河这么推测，是要引出后来的“恶”的黑烟）。

生命之源的这次严重破坏也同时引发了亚特兰蒂斯的大地震。亚特兰蒂斯的大部分陆地都沉入海底，大量亚特兰蒂斯人在陆地沉没之前乘船逃离，一部分逃去非洲大陆，创造了古埃及文明，一部分逃去美洲大陆，创造了玛雅等美洲文明。

而围绕在生命之源周围的那些祭师们此时正在奋力试图挽回局面。也许里面有一个像后来的黑衣人那样通晓生命之源运作机理的天才（可能他就是第一代jacob），创造了一个重建封印的装置，在恶彻底吞噬人世间的善之前将恶之源重新封存，生命之光重启。

这个装置，后来经过修饰。就是剧中所看到的岛的心脏下面那个石栓、石槽和引水渠。（石栓上刻有埃及象形文字，所以可以推断这个装置跟taweret神像以及神殿一样都是当初的亚特兰蒂斯人造的。）

这时，大部分的亚特兰蒂斯大陆都已经沉入海底，生命之源周围剩下来的陆地，只剩下小小的两块，这就是后来的主岛和hydra岛。

为了防止那些败家子们的再次威胁，通晓生命之源力量的第一代jacob为生命之源设置了一道保护机制：利用生命之源的力量将整个岛封闭，成为时空上的一个孤岛，使得外界那些失散在其他大陆的败家子即使日后杀回来也再也不找不到岛。

虽然恶之源重新被封印，可是人世间再也回不到原先的黄金时代了，太多的恶已经侵蚀人类的灵魂。人类的黄金时代一去不复返，人类进入了我们熟悉的这个善恶并存甚至是恶远远多于善的纪元。

岛上，一切安排妥当之后，第一代jacob想，是确定个新黑烟当助手的时候了。于是，他在留在岛上的人里挑选了一个扔到生命之源里。

结果，意想不到的事情发生了。

如今的生命之源不比从前，经过破坏之后，一旦生命之源受到干扰，它的封印能力就减弱，被封印的恶之源的倾泻而出。

于是，这一任的倒霉蛋不但吸收了生命之源的力量，还吸收了恶之源释放的力量，等它变成黑烟时，他已经不再是过去那个审判长和警卫长了，它已经是后来真田小队长所说的“恶之化身”了。

等第一任jacob发现这点，为时已晚。黑烟也是拥有生命之源力量的人，想要消灭黑烟非常困难。

于是为了保护生命之源，第一任jacob只好在生命之源周围的空间再设置一道保护机制：将生命之源隐藏，只有自己可以进入这个空间。

第一任jacob想到，万一黑烟离开岛，进入外面的世界，其后果将不堪设想。原因是黑烟身上现在就是一个小型的恶之源。

一旦黑烟离开岛进入外部世界，就等于是继续了恶之源被释放的过程，他身上的恶会在人世间传播，直到把人间的善全部吞噬。这是不能容忍的。这是历代黑烟不能离开岛的原因。